Omdat het FAVV een essentiële dienst levert is het Agentschap controles op het terrein blijven uitvoeren. Daarbij werd rekening gehouden met de moeilijke situatie waarmee de voedingsbedrijven tijdens deze pandemie werden geconfronteerd.
Zo werd in bepaalde sectoren, zoals de vleessector, de primaire productie en de invoer van levensmiddelen, het normale ritme van de controles behouden. Anderzijds werden de controles tijdelijk opgeschort bij organisaties waar personen aanwezig zijn die tot een risicogroep behoren, zoals de keukens van ziekenhuizen, van woonzorgcentra, enz., behalve om een klacht te onderzoeken of in het kader van een onderzoek naar aanleiding van een collectieve voedseltoxi-infectie (CVTI).
Ten slotte werd voor de distributiesector (take-away gerechten, winkels, bakkerijen, slagerijen, enz.) en voor de verwerkende sector een nieuwe controlechecklist uitgewerkt.
Hiermee werd een evenwicht gevonden tussen de aanwezigheid op het terrein om te waken over de voedselveiligheid en de bescherming van de medewerkers van de bedrijven en de controleurs van het FAVV.
In 2020 werden bijna 20.000 controles uitgevoerd met deze nieuwe checklist.